La suspensión del campeonato causó una gran crisis económica en los equipos y eso, sumado con viejos descontentos por el negocio de la venta de los derechos de televisión, llevó a la Dimayor y al fútbol colombiano a una crisis organizativa y a una división entre los equipos, camiseta españa seleccion que se zanjó con la renuncia del presidente de la entidad y con la llegada de uno nuevo. Además, Universidad de Chile continuó con la crisis deportiva e institucional, que atraviesa en los últimos años y pese a tener 3 entrenadores en todo el torneo, nuevamente se salvó del descenso, aunque esta vez lo hizo a falta de una fecha, para el final del torneo. En el Torneo de Apertura 2004, Universidad de Chile que era dirigida por Héctor Pinto, volvió a la cima y se proclamó campeón, en una reñida campaña, en la cual terminó derrotando en definición a penales a Cobreloa en Calama, tras empatar 0-0 en el partido de ida y 1-1 en el de vuelta, arruinando el primer tricampeonato de los calameños. Además, Cobreloa que ganaría la Liguilla a final de año, dio nuevamente el golpe en el mercado de fichajes, esta vez al incorporar al seleccionado boliviano Julio César Baldivieso.

En 1997 fue creada la Asociación Pandina de Fútbol (APF), siendo así el departamento de Pando el último departamento del país en conformar su asociación de fútbol e incorporarse al fútbol profesional boliviano el año 2014 con el ascenso de Universitario (UAP) a primera división. «Historia: La Liga de Fútbol Profesional Boliviano se fundó hace 34 años». A partir de ciclo 2017-18, el equipo que ganara la final por el ascenso, debía estar “Certificado para ascender”, de acuerdo al Reglamento de la FMF, de no ser así, no podía ascender y se le “recompensabá” con dos millones de dólares; por lo tanto, el equipo descendido de Primera División y el club certificado con más puntos en la Liga de Ascenso (sumando los dos torneos), disputaban una promoción a ida y vuelta para determinar qué equipo ocupaba un lugar en el máximo circuito. En 1960, Colo-Colo obtuvo su octavo título, al superar por 6 puntos de diferencia a Santiago Wanderers y por 9 puntos, a su acérrimo archirrival, la Universidad de Chile.

Otros clubes centenarios que jugaron en primera división son: Carlos Walker (116 años) desaparecido en 1983, Santiago National (113 años) desaparecido en 1961, Badminton (111 años) desaparecido en 1973, Deportivo Alemán (107 años) desaparecido en 1935, Green Cross (107 años) desaparecido en 1965 (Deportes Temuco), Morning Star (116 años) y Deportes Santiago (120 años) (Santiago Morning). Los ganadores de la final serán los campeones de la Star League, Golden League y Blue League. Campeonato Porteño de 1926: fue una competencia organizada para celebrar la fusión de la oficial Asociación Argentina de Football y la disidente Asociación Amateurs de Football, que, pese a su nombre, se celebró en 1927; una final disputada por los campeones de ambas asociaciones, a partido único, en el estadio de River Plate. Unión Española disputó un solo encuentro -con el nombre de Central-, en el inicio del campeonato oficial. En la otra llave de la Liguilla de Promoción, Coquimbo Unido conservó la categoría con mucho éxito, tras humillar a la Unión Española en su propia casa, al golearle por 6-1, aunque el triunfo de los hispanos por 3-1, en el partido de vuelta de la llave, fue solo un trámite y un relajo para el equipo coquimbano.

Posteriormente, el club entró en receso por decisión de la directiva, a causa de la guerra civil española. En la temporada 1968-69 se creó la liguilla por el no descenso, que disputaban en series a visita recíproca, los dos o cuatro clubes con menos puntos, siempre y cuando no existieran más de cuatro puntos de diferencia entre los involucrados; en cuyos casos se producía el descenso directo. El campeonato de 1937 vio por primera vez competir a un equipo fuera de la capital, Santiago Wanderers de Valparaíso, que tuvo que jugar todos sus encuentros en Santiago y en calidad de invitado, lo que implicó que no se le acreditaran puntos en la tabla de posiciones. El Clásico Porteño: es como se conoce a uno de los encuentros más tradicionales del fútbol chileno que enfrenta a los dos equipos más importantes y populares de la Región de Valparaíso, Everton de Viña del Mar y Santiago Wanderers de Valparaíso, que a su vez son dos de los clubes más antiguos del país.