Después de un buen inicio al derrotar por 2-1 a los Soca Warriors (goles de Ramón Alfredo Sánchez y Dennis Alas), la Selecta se inclinó ante Guatemala 0-1. Terminó el torneo con una severa derrota 0-4 ante los anfitriones y futuros campeones norteamericanos, resultado que le condenó a una eliminación prematura en primera fase. Sin embargo dos derrotas por la mínima 0-1 ante Canadá y Jamaica hicieron estéril el triunfo inicial y precipitaron a la Selecta a una nueva eliminación en primera ronda. Sin embargo, la victoria por 1-0 ante Haití, con gol de penal de Rodolfo Zelaya, le otorgó a la Selecta una nueva clasificación a la segunda ronda del torneo. El Salvador consiguió su primera clasificación a la Copa de Oro de la Concacaf en 1996. La Selecta fue colocada en el Grupo C junto a Estados Unidos y Trinidad y Tobago; en el primer partido obtuvo una victoria 3-2 ante el combinado de Trinidad y Tobago y en el segundo partido tuvo una derrota 2-0 ante el equipo anfitrión, Estados Unidos. El Salvador participó a su 8.ª. Copa de Oro en su calidad de tercero de la Copa Centroamericana 2013. Inició su participación en el grupo B de la justa con un vibrante empate 2-2 ante su similar de Trinidad y Tobago.
De la mano del uruguayo Rubén Israel, El Salvador volvió a clasificarse a la segunda fase del torneo, al acabar en 3° posición del grupo A (derrota 0-5 ante México, empate 1-1 ante Costa Rica y victoria 6-1 ante Cuba) pero situándose entre los dos mejores terceros de la justa. Un empate de visita ante Costa Rica (0-0) y un triunfo de local ante Canadá (4-1) levantaron los ánimos de la Selecta, pero sufrió una goleada ante México de visita (5-0). En los dos últimos encuentros empata de local con Jamaica (2-2) en un duelo directo que sepultó sus aspiraciones mundialistas, y a Estados Unidos (4-2) donde cerraría su participación como quinto lugar de la tabla. En agosto de 2006, asumió la dirección técnica de la Selecta, el mexicano Carlos de los Cobos. Para tomar el mando en la dirección técnica fue llamado nuevamente Milovan Ðoric, ya conocido como el «Coronel», cuyas medidas disciplinarias, a ratos fuera de toda compostura, causaron la deserción de más de algún seleccionado. En enero del 2011, los salvadoreños participaron en la Copa Centroamericana bajo la dirección técnica de José Luis Rugamas, y el preparador físico Esteban Coppia y se ubicaron en el cuarto puesto, mientras que Rafael Burgos, con tres tantos, compartió el liderato de goleo del certamen.
La situación no fue mejor para la clasificación a la copa del mundo de Alemania 2006. Se inició la primera fase bajo el mando del salvadoreño Juan Ramón Paredes, quien había logrado la medalla de oro en los XIX Juegos Centroamericanos y del Caribe de 2002 con la selección sub-21. Para el mes de junio, un nuevo director técnico tomó las riendas de la Selecta: el uruguayo Rubén Israel, futbol camisetas que llevó al equipo a la fase de cuartos de final de la Copa de Oro donde quedó fuera contra Panamá en los tiros desde el punto penal. También la ve el técnico local por las protestas. Para la fase clasificatoria a Italia 1990, la federación salvadoreña contrató al técnico serbio Milovan Ðoric quien llegó al país en 1988. Poseedor de un carácter inflexible y creyente de la disciplina en su método, duró poco tiempo en el cargo y le sucedieron otros directores técnicos entre ellos Conrado Miranda y Kiril Dojcinovski.
